2026年最新版|個人事業主の確定申告を「自動化」する全手順:マイナポータル連携から令和9年改正対策まで徹底解説

仕事・お金

更新日:2026/05/27

「毎年、確定申告の時期になると領収書の山と格闘して、何日も徹夜してしまう……」 「副業を始めたけれど、何から手をつければ自動でラクに申告できるのかわからない」

そんな悩みを持つ個人事業主や副業サラリーマンの方にとって、2026年(令和7年分)からの確定申告は劇的に進化しています。 かつての「手書き・手計算」の時代は終わり、現在はスマートフォンとマイナンバーカード、そして「マイナポータル連携」を活用することで、所得や控除の情報を「自動取得・自動入力」することが可能です 。

さらに、令和9年(2027年)分からは青色申告特別控除の要件が激変し、デジタル化に対応しているか否かで納税額に数十万円の差が出る時代が到来します 。

本記事では、最新の税制改正情報から、申告を極限まで自動化するクラウド会計ソフトの活用法、そして令和9年を見据えた内容まで網羅的に解説します。

確定申告の「自動化」を支えるマイナポータル連携とは?

現在、個人の確定申告において「自動」を実現するための鍵となるのが「マイナポータル連携」です 。

マイナポータル連携の概要

これは、マイナンバーカードを利用して、マイナポータル経由で発行される「給与所得の源泉徴収票」や「医療費」「ふるさと納税」などのデータを一括取得し、確定申告書の該当項目へ自動入力できる機能です 。

主なメリット

✅ 書類の管理・保管が不要

紙の控除証明書などを1枚ずつ保管し、集計する手間がなくなります

✅ 入力ミスを根絶

データが直接反映されるため、手入力による計算間違いや転記ミスが防げます

✅ 自宅から24時間申告可能

税務署へ足を運ぶ必要はなく、e-Taxで即座に送信・提出が完了します。

特に令和7年分からは、iPhoneのマイナンバーカード機能も利用可能となり、生体認証(顔認証や指紋認証)を使って、よりスムーズに本人確認と申告が行えるようになっています 。

【2026年最新】スマホで確定申告を完結させる全ステップ

スマホ一台で申告を完結させるための具体的な手順を解説します 。

事前準備:用意するもの

☑️ 対応スマホ

マイナンバーカード読取対応のスマホ(iPhone 7以降、2016年以降のAndroid主要機種) 。

☑️ マイナンバーカード

マイナンバーカード(電子証明書が有効なもの) 。

☑️ 2つのパスワード

2つのパスワード(署名用電子証明書:英数字6〜16桁、利用者証明用:数字4桁) 。

☑️ マイナポータルアプリ

マイナポータルアプリのインストール

実践手順

1 マイナポータルにログイン

アプリを起動し、4桁のパスワードとカード読み取りでログインします 。

2 「確定申告の事前準備」を開始

ホーム画面の「確定申告」から「証明書等の取得をはじめる」を選択します 。

3 連携先の設定

自分が利用している保険会社、ふるさと納税サイト、証券会社などを選択し、マイナポータルと連携させます 。

4 データの取得

各連携先から最新の証明書データを一括で取得します。この際、ステータスが「完了」になるまで数日かかる場合があるため、早めの着手が推奨されます 。

5 確定申告書等作成コーナーへ

連携完了後、スマホの「e-Taxで確定申告をはじめる」ボタンから国税庁の作成コーナーに移動します 。

6 自動入力された内容を確認

取得したデータが各項目に反映されているか確認し、不足分(交通費などの手入力が必要な項目)を追記します 。

自動入力できる情報・できない情報の見分け方

「すべて自動」と思われがちですが、一部連携に対応していない項目や追加修正が必要なものがあります 。

自動入力の対象(連携可能な項目)

✅ 収入関係

給与所得の源泉徴収票(勤務先がe-Tax提出している場合)、公的年金、株式の特定口座年間取引報告書

✅ 控除関係

医療費通知情報(保険診療分)、ふるさと納税、地震保険料、生命保険料、iDeCo、小規模企業共済掛金、社会保険料(国民年金)、住宅ローン控除関係

注意が必要な項目(手入力が必要な場合)

⚠️ 医療費控除

自由診療(インプラント等)、市販薬の購入費、通院の交通費、はり・きゅうの施術費用などは自動入力の対象外です。

⚠️ 社会保険料控除

国民年金は自動連携可能ですが、「国民健康保険」は現在のところ自動取得の対象外であり、納付額を手入力する必要があります。

⚠️ 給与所得

勤務先が紙で源泉徴収票を発行しているなど、e-Tax対応していない場合は自動反映されません

【重要】令和9年分からの「青色申告特別控除」の見直しと対策

ここが本記事の最重要ポイントです。令和9年(2027年)分以降、個人の税金ルールが大きく変わります。

10万円控除の要件厳格化

これまで簡易な簿記(単式簿記)で認められていた10万円の控除が、前々年の収入金額が1,000万円を超える者については適用対象外(0円)となります 。

⚠️ 不動産所得

収入1,000万円超かつ業務的規模の場合は10万円控除が維持されますが、それ以外は0円になります

⚠️ 事業所得

収入1,000万円超なら簡易簿記では控除を受けられなくなります

75万円控除の新設(デジタル化の恩恵)

一方で、デジタル化を徹底する事業者には控除額が上乗せされます。

✅ 75万円控除

複式簿記+e-Tax送信に加え、「優良な電子帳簿(請求書データ等との自動連携、訂正削除履歴の記録など)」の作成・保存を行うことで、最大75万円の控除が受けられます 。

✅ 65万円控除

複式簿記+e-Tax送信の要件を満たす場合に適用されます 。

結論として、令和9年以降は「複式簿記+e-Tax+優良な電子帳簿」のセットが、節税のスタンダードとなります。

超高所得者に影響する「1億円の壁」是正措置と令和9年以降の激変

一部の富裕層や高額な資産売却を予定している方には、さらに厳しい新制度「特定の基準所得金額の課税の特例」が適用されます 。

制度の概要(令和7年分〜)

📘 ミニマムタックス制度

所得が数億円規模になると、分離課税(20.315%)の影響で実効税率が下がる「1億円の壁」を是正するためのミニマムタックス制度です 。

📘 計算式

計算式:(基準所得金額 − 3.3億円) × 22.5% > 通常の所得税額 となる場合、その差額を追加納税します 。

令和9年分からの「激変」内容

令和9年分以降は、このハードルがさらに引き下げられ、対象者が激増します。

特別控除額の圧縮 令和9年〜
3.3億円 → 1.65億円

特別控除額がほぼ半分に引き下げられます。

税率の引き上げ 令和9年〜
22.5% → 30%

税率が大幅に引き上げられます。

この特例の対象者は、これまで利用できていた「特定口座の申告不要制度」が事実上封印されます。すべての株式譲渡所得や配当所得を確定申告書に記載しなければならず、実務負担が大幅に増加します 。

最強の自動化ツール:マネーフォワード クラウドで確定申告を終わらせる

「複式簿記なんて難しそう」「令和9年からの優良電子帳簿に対応できるか不安」という方に最適な解決策が、マネーフォワード クラウドの導入です。

初めての確定申告でも、マネーフォワード クラウドを利用すれば安心です。操作画面はシンプルな設計で、かんたんに会計業務を行うことができるクラウド型会計ソフトです 。

マネーフォワード クラウドが「自動化」に強い理由

🔗 データ入力の手間を極限まで削減

銀行口座、クレジットカード、キャッシュレス決済など、様々なサービスと連携。入出金データを自動で取得するため、手入力によるミスと時間を大幅にカットできます 。

🤖 AIが仕訳を自動提案

取得したデータの勘定科目をAIが学習し、最適なものを提案します。使えば使うほど精度が上がるため、調べる手間がなくなります 。

📄 確定申告書を自動作成

日々の仕訳から、面倒な決算書や申告書を自動で生成。そのままe-Taxで電子申告できるため、最大65万円(令和9年からは最大75万円を目指せる)の青色申告特別控除を確実に受けられます 。

📊 経営状況をリアルタイムで把握

売上やキャッシュフローのレポートが自動作成され、スマホからいつでも経営状態をチェック可能です 。

導入費用の最大80%が戻る?デジタル化・AI導入補助金の活用

クラウド会計ソフトやITツールの導入にはコストがかかりますが、国や自治体の補助金を活用することで負担を最小限に抑えられます。

デジタル化・AI導入補助金

小規模事業者の場合、会計ソフト等の導入費用の最大80%が補助されるケースがあります。

✅ メリット

最新のAI機能を備えたソフトを安価に導入でき、インボイス制度や令和9年の税制改正への対応がスムーズになります 。

📘 相談先

商工会や商工会議所、青色申告会などで、補助金の申請サポートや記帳指導を受けることが可能です 。

よくある質問(FAQ)とトラブル対処法

Q1. マイナポータル連携は毎年設定が必要ですか?

いいえ、原則として最初の一度だけで完了します 。翌年以降、新たな保険契約などがなければ、そのままデータを引き継いで利用できます。

Q2. 税金を納める際、もっともおトクな方法は何ですか?

利便性とポイント還元を重視するなら、クレジットカード納付がおすすめです 。

✅ メリット

24時間ネットで支払い可能、カードのポイントが貯まる、支払日を実質的に先延ばしできる

⚠️ 注意点

納付額に応じた決済手数料(1万円ごとに約99円)がかかります 。

Q3. スマホでの申告が不安です。相談できる場所はありますか?

税務署では、個人事業者向けに無料の記帳・決算説明会を開催しています 。また、専門的な伴走支援を希望する場合は、青色申告会や商工会議所への入会も検討しましょう 。

まとめ:今すぐ「自動化」の準備を始めよう

2026年(令和7年分)の確定申告期間は、2月16日(月)から3月16日(月)までです 。

しかし、マイナポータル連携の設定やデータの取得には数日かかる場合があり、直前の準備では間に合わないリスクがあります 。特に令和9年分からの大幅な改正を見据えると、今のうちからマネーフォワード クラウドのような「自動化」に対応したツールを導入し、操作に慣れておくことが最大の節税対策となります。

「自動」で「正確」な確定申告を実現し、本業に集中できる環境を整えましょう。

免責事項

本記事の内容は、2026年5月時点での税法および情報に基づいています 。実際の申告に際しては、必ず最新の国税庁ホームページを確認するか、税理士等の専門家にご相談ください 。

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